উলিপুর উপজেলার উল্লেখযোগ্য নদ-নদী হচ্ছে ব্রহ্মপুত্র, তিস্তা ও ধরলা। দেশের দীর্ঘতম/প্রশস্ততম নদ ব্রহ্মপুত্র এ উপজেলার হাতিয়া, বুড়াবুড়ী, বেগমগঞ্জ ও সাহেবের আলগা ইউনিয়নের বুকচিড়ে প্রবাহিত হয়েছে। তিস্তা নদী দলদলিয়া,থেতরাই,বজরা ও গুনাইগাছ ইউনিয়নের উপর দিয়ে প্রবাহিত হয়ে ব্রক্ষ্মপুত্রে পতিত হয়েছে। ধরলা নদী উপজেলার বেগমগঞ্জ ও বুড়াবুড়ী ইউনিয়নের উপর দিয়ে প্রবাহিত হয়ে ব্রহ্মপুত্রেমিলিত হয়েছে। এসব নদীপথে লোকজন জেলা ও উপজেলা শহরে যাতায়াতসহ মালামাল আনা-নেয়া করে। নদ-নদীগুলোতে প্রচুর মাছ ও পাওয়া যায়।

ছবি